Die Schärfe von Paprika wird durch die Gruppe der Capsaicinoide verursacht, die ausschließlich in den Früchten von Capsicum-Pflanzen gefunden werden. Während die Biosynthese der Scharfstoffe weitgehend verstanden ist, herrscht über den Abbau noch Unklarheit. Vielfach werden Peroxidasen für den Capsaicinoidabbau verantwortlich gemacht.
Es werden verschiedene chromatographische Methoden zur Capsaicinoidbestimmung (HPLC mit Fluoreszenzdetektion und elektrochemischer Detektion, GC mit stickstoffselektivem Detektor und Massenspektrometrie) miteinander verglichen, wobei die Bestimmung per HPLC/Fluoreszenz die geeignetste Methode ist. Weiterhin wurde eine einfache Methode für die Bestimmung der Capsaicinoidgehalte in Paprikapulvern und Oleoresinen ausgearbeitet.
Intensive Studien an einzelnen, frischen Früchten ergaben eine breite Variabilität der Capsaicinoidgehalte. Sogar Früchte vergleichbarer Größe und Gewicht ein und desselben Strauches und identischem Zeitpunkt der Ernte wiesen stark variierende Scharfstoffgehalte (217 bis 632 mg/kg) mit variierendem Muster (C: 48-59 %, DC: 31-37 % und NDC: 9-17 %) auf. Hierbei konnte kein Zusammenhang zwischen Capsaicinoidgehalt und -muster hergestellt werden. Ebenfalls korrelieren die Capsaicinoidgehalte und das Muster nicht mit der Fruchtfarbe. Diese Beobachtungen wurden mit Früchten von mehreren Sträuchern, unter identischen Anbaubedingungen und zu verschiedenen Erntezeitpunkten geerntet, bestätigt.
Wegen der beachtlichen Variabilität der Scharfstoffgehalte einzelner Früchte konnten keine ganzen Paprika gelagert werden. Um vergleichende Studien durchführen zu können, wurde eine Strategie ausgearbeitet, die von zerkleinerten bzw. halbierten Früchten ausging und gut reproduzierbare Ergebnisse lieferte. Der Abbau der Scharfstoffe konnte nur in zerkleinertem Material beobachtet werden. Die Capsaicinoidgehalte blieben bei gelagerten intakten Früchten (Hälften) im Rahmen der Analysengenauigkeit stabil. Es konnte eine Abhängigkeit der Capsaicinoidgehalte von der Temperatur und der Geschwindigkeit des Wasserverlustes beobachtet werden, weshalb ein enzymatischer Abbau vermutet wird.