Wallmeyer, Thorben: Deduktiv unterstützte Rekonstruktion biologischer Netzwerke aus flexibel analysierten Textdaten. 2016
Inhalt
- Einleitung
- Grundlagen
- Biologische Grundlagen
- Zellen in Organismen
- Zellbestandteile: Ribosome, Proteine, Enzyme
- Genexpression: Transkription, Translation
- Biologische Netzwerke und Netzwerkvorhersage
- Medline: textbasiertes Wissen für Netzwerkvorhersagen
- Technische Grundlagen
- Wissensextraktion aus Textdaten
- Methoden der Wissensrepräsentation
- Deduktive Datenbanken und Deduktion
- Indexbasierte Filterung von Textdaten
- Service-Orientierte-Architektur
- Zusammenfassung
- Verwandte Arbeiten
- Analyse biomedizinischer Textdaten
- Rekonstruktion biologischer Netzwerke
- VANESA
- ANDSystem
- PathPred / KEGG automatic annotation server
- UM-PPS
- PathoLogic (Pathway Tools)
- STRING
- Aufbau logikunterstützter Wissensbasen
- Sesame
- Jena
- OWL API
- Potentielles Regelwissen aus universellen sowie biomedizinischen Wissensressourcen
- Zusammenfassung
- Konzept- und Design
- Anforderungen an eine logikunterstützte Rekonstruktion biologischer Netzwerke
- Repräsentation biologischer Netzwerke und Texte
- Flexibilität durch modulare Systemarchitektur
- Persistenz in Textdatenbank und Wissensbasis
- Zusammenfassung
- Implementierung
- Identifikation relevanter Textdaten zur Vorhersage biologischer Netzwerke
- Effizienter Zugriff auf lokale Medline-Daten
- Daten-Aufbereitung in indizierter Datenbank
- Zusammenfassung
- Rekonstruktion beliebiger, biologischer Netzwerke mit Deduktionsunterstützung
- Pathway-Extraktion aus Textdaten
- Homogene Repräsentation komplexer Netzwerke
- Aufbau einer Wissensbasis für biologische Netzwerke
- Schlussfolgern in biologischen Netzwerken
- Exploration biologischer Netzwerke
- Zusammenfassung
- Anwendungsfälle
- Interaktive Rekonstruktion von Protein-Interaktions-Netzwerken
- Vorhersage von Protein-Komplexen in MPDZ/MUPP1-Netzwerken
- Rekonstruktion eines metabolischen Netzwerks
- Zusammenfassung
- Resümee und Ausblick
- Danksagung
- Anhang
- Literaturverzeichnis
- Abbildungsverzeichnis
- Tabellenverzeichnis
- Abkürzungsverzeichnis