Kleinbölting, Nils: Charakterisierung und Sequenzanalyse von T-DNA Insertionsstrukturen und paralogen Bereichen im Genom von Arabidopsis thaliana basierend auf Optimierungen [...]. 2015
Inhalt
- Zusammenfassung
- Einführung
- Modellorganismus Arabidopsis thaliana
- Transformation durch Agrobacterium tumefaciens
- A. tumefaciens und das Ti-Plasmid
- Der Weg der T-DNA in den Zellkern
- Integration in das Genom
- Ort der T-DNA Insertion
- Reparaturmechanismen für Doppelstrangbrüche
- Die Insertionslinienpopulation GABI-Kat
- Zielsetzung
- Ergebnisse
- Optimierung der Insertionsstellen-Vorhersage und des Umgangs mit Kontaminationen
- Berechnung von Gruppen paraloger Gene für die Erzeugung von Doppelmutanten in A. thaliana und deren Bereitstellung
- Entwicklung eines Primerdesigns optimiert für paraloge Bereiche des Genoms von A. thaliana
- Bioinformatische Analyse von Confirmation-Sequenzen in Bezug auf Merkmale des Integrationsmechanismus
- Zusammenfassende Diskussion
- Literaturverzeichnis
- Abkürzungsverzeichnis
- Publikation 1: GABI-Kat SimpleSearch: New features of the Arabidopsis thaliana T-DNA mutant database
- Publikation 2: GABI-DUPLO: a collection of double mutants to overcome genetic redundancy in Arabidopsis thaliana
- Publikation 3: An easy-to-use primer design tool to address paralogous loci and T-DNA insertion sites in the genome of Arabidopsis thaliana
- Publikation 4: Evaluation of the structural features of thousands of T-DNA insertion sites indicates a double-strand break repair based insertion mechanism