Battermann, Anja: Charakterisierung von Plasmiden aus einer Gemeinschaft von Bodenbakterien mit dem Schwerpunkt auf dem genetischen Potential für konjugativen DNA-Trans [...]. 2002
Inhalt
- Zusammenfassung
- Einleitung
- Bakterielle Plasmide
- Plasmidreplikation
- Mechanismen zur Stabilisierung von Plasmiden
- Wirtsbereich der Plasmide
- Inkompatibilitätsgruppen
- Beispiele für die Genfracht von Plasmiden
- Konjugative und mobilisierbare Plasmide
- Der horizontale Gentransfer
- Das Typ IV-Sekretionssystem
- Untersuchungen zum Plasmidgehalt und zum Gentransferpotential mikrobieller Gemeinschaften
- Umwelthabitat Boden
- Methoden zur Untersuchung des Plasmidgehaltes und des konjugativen Potentials verschiedener Habitate
- Beispiele bisher durchgeführter Studien zur Ermi
- Analyse von Plasmiden und Ermittlung des Gentransferpotentials in einer mikrobiellen Gemeinschaft von Bodenbakterien
- Zielsetzung dieser Arbeit
- Material und Methoden
- Material
- Bakterienstämme
- Plasmide
- Nährmedien
- Puffer und Lösungen
- Puffer, allgemein
- Lösungen für die Plasmidisolierung
- Puffer für Enzymreaktionen
- Lösungen und Puffer für die Southernhybridisieru
- Bezugsquellen für Chemikalien und Verbrauchsmitt
- Geräte
- Methoden
- Plasmidisolierungen
- Plasmidisolierung nach Ramos-Gonzales (Ramos-Gonzales et al., 1991)
- Triton-Lyse \(für einkopiezahlige Plasmide\)
- Plasmidisolierung nach Birnboim & Doly 1979 (modifiziert)
- Plasmidisolierung mit dem QIAGEN Plasmid Mini Kit
- Plasmidisolierung mit dem Qiaprep Miniprep Kit
- Isolierung von Gesamt-DNA
- Gesamt-DNA-Isolierung mit dem High Pure PCR Template Preparation Kit (Roche)
- Isolierung von Gesamt-DNA nach Hopwood (Hopwood, 1985) (modifiziert)
- Klonanalysen
- Alkoholfällung von DNA
- Extraktion von Proteinen mit Phenol
- Anhängen von einzelnen Adenosinen an das 3´ Ende
- Reinigen von PCR-Ansätzen oder Entsalzen von Lig
- Agarosegelelektrophorese
- Hydrolyse von DNA mit Restriktionsendonukleasen
- In vitro Neukombination von DNA (Ligation)
- Klonierung von PCR-Produkten mit dem pGEM TEasy (Promega)
- Klonierung von PCR-Produkten mit dem Qiagen PCR Cloning Kit
- DNA-Amplifizierung mittels PCR (Mullis und Faloona, 1987)
- Amplifikation von Sequenzen konjugativer Plasmide
- Amplifizierung der 16S-rDNA mit dem Primerpaar 27f und 1385r
- Detektion von Quecksilberresistenzgenen mittels PCR (Liebert et al., 1997)
- PCR zur Bestimmung von Plasmid-Inkompatibilitäts
- Amplified Ribosomal DNA-Restriction Analysis (ARDRA)
- Transformation von E. coli (nach Mandel und Higa, 1970) (modifiziert)
- Antibiotikaresistenztest mit den Antibiotikatestp
- Konjugation und Mobilisierung
- DNA-DNA-Hybridisierung
- Sequenzierprimer
- Computersoftware und Datenbanken
- Ergebnisse
- Isolierung denitrifizierender Bakterien aus Bodenproben
- Charakterisierung der Plasmide
- Restriktionsanalysen ausgewählter Plasmide
- Gleiche Plasmide – ein Hinweis auf im Boden erfol
- Antibiotikaresistenzen und Schwermetallresistenzen
- Zuordnung der Plasmide zu bekannten Inkompatibili
- Bestimmung des Gentransferpotentials
- Sequenzierung von Plasmiden aus Bodenbakterien
- Die Transferregionen von pBI709 und pBI1063
- Die Transferregion von pBI709 besitzt die gleiche Organisation wie die von pWW0
- Die Transferregion von pBI1063
- Analyse der putativen Transferproteine von pBI709 und pBI1063
- Vermutliche oriT-Regionen der Plasmide pBI709 und pBI1063
- Beispiele für die Genfracht der Plasmide pBI709
- Partielle Sequenzierung des Plasmides pKI173
- Partielle Sequenzierung des Plasmides pKI239
- Partielle Sequenzierung des Plasmides pBI113
- Partielle Sequenzierung des Plasmides pKI202
- Partielle Sequenzierung des Plasmides pOL1820
- Diskussion
- Detektion von Plasmiden aus Bodenisolaten durch eine endogene Plasmidisolierung
- Der Plasmidgehalt in einer Gemeinschaft von denitrifizierenden Bodenisolaten
- Der Gesamtplasmidgehalt
- Plasmidgehalt – ein Hinweis auf die Gentransferak
- Plasmidverteilung in den einzelnen Gattungen
- Plasmidgrößen und Plasmidanzahl in den Isolaten
- Die Plasmide aus Bodenisolaten tragen keine Antibiotikaresistenz˜gene und nur drei Plasmide besitzen Quecksilberresistenzgene
- Bei den Plasmiden aus Bodenisolaten handelt es sich um Plasmide unbekannter Inc-Gruppen
- Das Gentransferpotential von Plasmiden aus Bodenisolaten
- Das Gentransferpotential der untersuchten Bodenisolate
- Die Sequenzierung der Transferregionen der Plasmi
- Ist pBI709 ein pWW0-ähnliches Plasmid und gehört
- Die mpf-Region von pBI709 wird durch zwei nuc-Gene und drei hypothetische Gene von der dtr-Region getrennt
- Die dtr-Region von pBI709 und pWW0 ist ähnlich d
- Das konjugative pBI709 kodiert für kein VirB7-ho
- Die Genorganisation der TraI Region von pBI1063
- Ist das Plasmid pBI1063 konjugativ?
- pOL1820 - Plasmid oder Minichromosom?
- Ausblick
- Literatur
- Abkürzungsverzeichnis