Katzer, Mathias: Automatisches Segmentieren von Mikroarraybildern. 2003
Inhalt
- Inhaltsverzeichnis
- Einführung
- Biologische Grundlagen
- Parallelisierte Hybridisierungsansätze
- Motivation
- Vorläufertechnologien der Mikroarray-Hybridisierung
- Gedruckte DNA-Mikroarrays
- Herstellung von Mikroarrays
- Hybridisierung
- Bildaufnahme
- Differentielle Expressionsanalyse
- Typische Anwendungen von Mikroarray-Hybridisierung
- Expressionsdatenbanken
- Automatische Mikroarray-Bildverarbeitung
- Zusammenfassung
- Systemansätze
- Ziele
- Andere Ansätze und Methoden
- Gittersegmentierung-Problemorientierte Ansätze
- Gittersegmentierung -Methodenorientierte Ansätze
- Signal-Segmentierung und Quantitative Auswertung
- Entwurf einer Systemstruktur
- Regionensegmentierung
- Gittersegmentierung
- Nächste-Nachbar-Abstände und Regionenklassifikation
- Verteilungsmodelle für Regionenabstände
- Schätzung der Gitterabstände
- Klassifikation und Kanalkorrespondenz von Regionen
- Verkettung von Objekten
- Effiziente Nachbarsuche
- Achsenprojektionen und deren Interpretation
- Gitter-Hypothesen
- Markov-Zufallsfeld-Modell
- Messpunktdetektion mit Eigenwertverfahren
- Messpunktdetektion mit aktiven Konturen
- Motivation
- Grundlagen
- Semikontinuierliches, skalenunabhängiges Konturmodell
- Optimierungsverfahren
- Merkmale
- Klassifikation mit Ec-Schwellwert
- Zusammenfassung
- Quantitative Bildauswertung
- Modell der Bildintensität
- Signalsegmentierung
- Hintergrundschätzung
- Verhältnisberechnung und Qualitätsmerkmale
- Ergebnisse
- Methoden zur Systemevaluation
- Stichproben
- Korrektheit der Gittersegmentierung
- Quantitative Bildauswertung
- Direkter Vergleich mit etablierten Systemen
- Konsistenz replizierter Messdaten
- Qualitativer Vergleich
- Laufzeitverhalten und Speicherbedarf
- Diskussion
- Zusammenfassung und Ausblicke
- Grundlagen biologischer Methoden
- Verteilungsmodelle für Abstände zum k-nächsten Nachbarn
- Auswertungen der Medicago-Nodulationsexperimente
- Datenschema des AIM-Systems
- Bildbeispiele
- Literaturverzeichnis
- Index